Полное исследование гена CFTR (включая делецию 2,3, экзона) методом NGS в крови

Подготовка к исследованию

Исследование желательно проводить натощак. Между последним приемом пищи и взятием крови должно пройти не менее 8 часов.

Описание

Гомозиготный патогенный или условно патогенный вариант гена CFTR подтверждает диагноз CFTR-ассоциированного заболевания. При обнаружении двух гетерозиготных аберраций гена CFTR рекомендуется обследование родителей для подтверждение локализации вариантов на разных хромосомах. Обнаружение двух гетерозиготных вариантов на разных хромосомах (в транс позиции) также подтверждает CFTR-ассоциированное состояние.
Описано около 2000 патогенных аберраций в гене CFTR. Ген CFTR кодирует трансмембранный регулятор проводимости муковисцидоза. Данный белок представляет собой ионный канал, участвующий в транспорте ионов хлора. В зависимости от влияния патогенных аберраций на активность белка различают 6 классов генетических нарушений: класс I - нарушение синтеза белка; класс II - нарушение созревания белка; класс III - нарушение регуляции хлорного канала; класс IV - нарушение проводимости хлорного канала; класс V - снижение количества функционального белка; класс VI - снижение времени нахождения белка на поверхности клетки. Аберрации I-III классов вызывают практически полное снижение функции белка, тогда как при аберрациях IV или V классов наблюдается остаточная функция канала. Заболевания, связанные с геном CFTR, имеют аутосомно-рецессивный тип наследования, то есть для их развития требуется наличие либо гомозиготной, либо двух гетерозиготных мутаций, находящихся на разных хромосомах.
В группу CFTR-ассоциированных заболеваний входят муковисцидоз, двухсторонняя врожденная аплазия семявыносящих путей, наследственныйCFTR-ассоциированный панкреатит, CFTR-ассоциированные диссеминированные бронхоэктазы, CFTR-ассоциированный синусит, синдром псевдо-Барттера.
Муковисцидоз представляет собой наследственную системную экзокринопатию с аутосомно-рецессивным типом наследования, характеризующаяся поражением органов дыхания, поджелудочной железы, кишечника, печени и репродуктивной системы у мужчин. Чаще всего при муковисцидозе встречаются мутации I-III классов, которые полностью нарушают функцию ионного канала. Выявление более «легких» аберраций предсказывает более доброкачественное течение заболевания. Также, наличие некоторых мутаций может предсказывать фенотип CFTR-ассоциированных диссеминированных бронхоэктазов.
Двухсторонняя врожденная аплазия семявыносящих путей является одной из основных наследственных причин бесплодия у мужчин с распространенностью 1:1000. Для данного состояния характерна обструктивная азооспермия, которая и вызывает бесплодие у мужчин.Чаще всего при этом данном заболевании обнаруживается 1 «тяжелая» мутация классовI-III (например F508del) и 1 «легкая» мутация классов IV-V или же 2 «легкие» мутации классов IV-V. Наиболее частыми мутациями в европейской популяции, которые вызывают двухстороннюю врожденную аплазию семявыносящих путей, являются F508del, а также IVS8-5T и R117H. Выявление 1 и более аберраций в гене CFTR позволяет подтвердить данное заболевание.
У пациентов с «легкими» мутациями в гене CFTR может развиваться рецидивирующий (или хронический) панкреатит. Метод NGS (Next Generation Sequencing, секвенирование нового поколения) основан на массовом параллельном секвенировании специальным образом подготовленных однонитевых библиотек фрагментированной ДНК исследуемых образцов.

Показания к назначению

Оценка генетического риска муковисцидоза, двухсторонней врожденной аплазии семявыносящих путей, наследственногоCFTR-ассоциированного панкреатита, CFTR-ассоциированных диссеминированных бронхоэктаз, CFTR-ассоциированного синусита, синдрома псевдо-Барттера.

Интерферирующие факторы

—

Причины отклонения показателей от нормы (повышенные значения)

Выявление гомозиготной аберрации в гене CFTR подтверждает диагноз муковисцидоза и/или CFTR-ассоциированных заболеваний. Выявление двух или более разных патогенных или условно-патогенных вариантов в гене CFTR требует подтверждения их цис- или транс-расположения путем генотипирования родителей пациента. Выявление гетерозиготного патогенного или условно-патогенного варианта в гене CFTR в большинстве случаев не позволяет подтвердить болезнь, а указывает на состояние носительства. Однако в редких случаях у пациента может наблюдаться второй патогенный вариант, который не детектируется данным тестом (протяженная делеция или дупликация). При сохранении клинического подозрения на CFTR-ассоциированное заболевание и гетерозиготном носительстве патогенного или условно-патогенного варианта в гене CFTR рекомендуется получить консультацию врача-генетика и провести клинико-лабораторное сопоставление.
Отсутствие мутаций в гене CFTR значительно снижает вероятность у пациента диагноза муковисцидоза и/или CFTR-ассоциированных заболеваний. Однако существуют редкие случаи, когда у пациентов с CFTR-ассоциированными состояниями наблюдаются патогенные варианты, которые не выявляются с помощью данной технологии: протяженные делеции или дупликации. По результатам исследования рекомендуется консультация врача.

Причины отклонения показателей от нормы (сниженные значения)

Патогенных вариантов, условно-патогенных вариантов в гене CFTR обнаружено не было. По результатам исследования рекомендуется консультация врача.

Метод:

NGS-метод высокопроизводительного секвенирования;

Анализатор:

Генетический секвенатор MiSeq в вариантах исполнения: MiSeq, MiSeqDx (США);